Comme ce tissu peut être présent sur différents organes (ovaires, intestin, vessie, vagin, rectum) et qu'il réagit aux hormones ovariennes, les conséquences de la maladie sont très diverses d'une femme à l'autre.

Cela peut être asymptomatique ou bien au contraire provoquer des douleurs, particulièrement pelviennes, très invalidantes dans la vie quotidienne, lors des règles notamment, ou pendant les rapports sexuels, au moment d'uriner et/ou de déféquer. Ces douleurs ne sont pas forcément proportionnelles à l'importance des lésions d'endométriose. Par ailleurs, ces lésions sont très souvent à l'origine d'une infertilité.

Aujourd'hui, seules les femmes qui présentent des symptômes sont traitées : la prise en charge repose notamment sur un traitement hormonal visant à supprimer les règles et/ou une chirurgie pour éliminer les lésions.

De nombreuses recherches sont en cours pour améliorer cette prise en charge et notamment offrir un diagnostic précoce et précis.