Le variant d'un virus est un virus qui présente une ou des mutations génétiques par rapport à sa forme d'origine.

L'apparition de variants au cours du temps est un processus naturel dans l'histoire des virus, lié à la manière dont ces microorganismes se répliquent. Le matériel génétique du virus est constitué d'un assemblage de molécules, les nucléotides, alignés les uns avec les autres dans une séquence très précise. Lorsqu'il infecte la cellule, un virus doit copier son matériel génétique fidèlement pour produire de nouvelles particules virales. A cette fin, il possède des protéines (des enzymes) qui assemblent les nucléotides en respectant la même séquence que le matériel génétique d'origine.

Seulement, ce système génère parfois des erreurs comme un ajout ou encore un oubli de nucléotide. Et si elle n'est pas corrigée, cette erreur conduit à une « mutation » qui peut aboutir à l'apparition d'un virus légèrement différent appelé variant.

Non. Les nouveaux variants ne sont pas systématiquement plus dangereux ou plus infectieux que le virus d'origine. Dans la grande majorité des cas, les mutations n'apportent aucune nouvelle caractéristique aux virus : ces mutations sont dites « neutres ». D'autres au contraire peuvent même être délétères et nuire à la propagation virale : le variant ne perdure alors pas dans le temps.

Néanmoins, dans certains cas, l'accumulation de mutations peut faciliter l'infection ou rendre le virus plus dangereux.

C'est le cas, par exemple, du variant « anglais » du Sars-Cov-2, B.1.7.7, le virus à l'origine de la Covid-19. Ce variant est plus infectieux que le virus d'origine. Il présente plusieurs mutations qui atteignent une protéine particulière appelée « Spike ». En interagissant avec une molécule située à la surface de la cellule, la protéine Spike sert de clé au virus pour y entrer. Les mutations du variant anglais faciliteraient cette interaction entre Spike et la molécule cellulaire. Ce phénomène pourrait expliquer l'augmentation de la capacité de contagion observée avec ce variant.

L'apparition de mutations dans le génome du virus peut parfois avoir pour conséquence l'émergence d'une résistance aux vaccins mis au point contre les virus d'origine. Dans le cas de la Covid-19 par exemple, les vaccins développés contre le virus SARS-Cov-2 ont pour but d'apprendre au système immunitaire à reconnaître la protéine Spike et à attaquer le virus. On peut imaginer que si un variant présente une version très modifiée de cette protéine, il pourra ainsi échapper plus facilement aux cellules immunitaires d'organismes vaccinés, qui auront en mémoire la protéine Spike originale.

Il est possible d'établir la séquence génétique du Sars-Cov-2, et ainsi de détecter les variants du virus, par une technique appelée « séquençage à haut débit ». De nombreuses plateformes qui permettent de les effectuer existent sur la planète. Les résultats de ces séquençages réalisés tout autour du monde sont recueillis dans des banques de données et mis à la disposition de la communauté scientifique. Cela permet de suivre l'émergence de nouveaux variants et d'en faire rapidement l'étude.