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Même l'organoïde le plus abouti mimant parfaitement la structure et le fonctionnement d’un organe humain ne peut remplacer la complexité d'un organisme tout entier, soit-il animal. Par exemple, il limite les analyses de toxicité au seul organoïde sur lequel sont testés des médicaments, ignorant les effets susceptibles d'affecter d'autres organes. Certes, les organoïdes devraient permettre de remplacer bon nombre d'expérimentations sur des modèles animaux mais pour l'instant, les chercheurs n'imaginent pas encore sen passer complètement.

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Il existe par exemple des organoïdes dérivés de cellules de la muqueuse rectale ou pulmonaire de patients atteints de mucoviscidose qui permettent de tester l’efficacité de différents médicaments. Et ainsi de faire des prescriptions personnalisées en fonction des résultats observés.

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De la même façon qu’on développe des organoïdes sains, des chercheurs fabriquent des tumoroïdes à partir de cellules cancéreuses et saines prélevées chez des malades. Cela permet notamment d’étudier les relations entre la tumeur et son environnement, et de tester de nouvelles thérapies.