Le microbiote intestinal désigne les milliards de micro-organismes qui colonisent les intestins. En grande majorité, il s'agit de bactéries qui vivent en symbiose avec l'organisme, c'est-à-dire en collaboration avec l'hôte qui l'abrite. Auparavant, on pensait que ces bactéries n'avaient principalement qu'un rôle de support à la digestion, aidant à dégrader des composés que le corps ne peut assimiler.

Aujourdhui, les chercheurs pensent que le microbiote intestinal a une action sur la santé en général : il formerait une barrière contre les pathogènes, participerait à la régulation du métabolisme cellulaire et à la maturation du système immunitaire… De plus, des déséquilibres dans la composition des espèces bactériennes qui composent le microbiote intestinal semblent intervenir dans les pathologies neurologiques, les maladies auto-immunes voire certains cancers Des données qui poussent les chercheurs à s'intéresser de près au microbiote intestinal.

Le microbiote intestinal se construit au moment de l'accouchement puis dans les premières années de la vie.

Tout d'abord, le bébé est au contact des flores bactériennes vaginale et intestinale (lorsqu'il y a expulsion de selles) au moment de la naissance.

Ensuite, c'est l'allaitement qui lui apporte de nouvelles bactéries qui enrichissement son microbiote. Sa composition est ensuite très stable au cours du temps et varie peu durant la vie adulte.

Ainsi, les chercheurs pensent que des perturbations dans la mise en place du microbiote intestinal chez le très jeune enfant peuvent avoir des influences à plus long terme sur la santé : c'est ce point que souhaitent explorer Claire Poyart et son équipe au cours de ce projet.

Une pratique courante en France consiste à administrer des antibiotiques au moment de l'accouchement chez la mère, en prévention d'une infection du nouveau-né par des streptocoques du groupe B lorsque la femme est porteuse de ce microorganisme. En effet, ces bactéries font partie de la flore vaginale et intestinale normale de 10 à 30 % des adultes en bonne santé, mais constituent dans le même temps un pathogène potentiellement mortel lorsqu'il infecte le nourrisson.

Si cette politique de dépistage et de prévention a permis de réduire le risque d'infection et la mortalité, il est par contre très probable que l'antibiothérapie, en touchant d'autres bactéries que les streptocoques du groupe B, engendre des modifications de la composition du microbiote intestinal transmis par la mère. A ce jour, aucune étude n'a été menée sur les effets de ces antibiotiques donnés lors de l'accouchement, aussi bien sur le microbiote du nouveau-né que sur ses répercussions à plus long terme, au niveau de la maturation du système immunitaire de l'enfant notamment. Claire Poyart va ici se pencher sur les effets potentiellement délétères des antibiotiques.

Les chercheurs effectueront leur travail au sein d'un groupe de 1 100 « couples » mère-enfant, chez lesquels la composition du microbiote sera analysée par des techniques de génétiques avancées, permettant d'identifier les espèces bactériennes en place. Des modèles animaux seront également utilisés afin de mettre en évidence l'effet de l'antibiothérapie pendant la naissance sur la maturation ultérieure du système immunitaire.

Ces recherches pourraient apporter des informations précieuses sur la mise en place du microbiote intestinal chez le nouveau-né et sur son impact dans la maturation du système immunitaire.