Il est maintenant établi que le microbiote est un élément essentiel pour le bon développement du corps et pour son fonctionnement. Le microbiote désigne l'ensemble des micro-organismes (bactéries, virus, parasites, champignons) vivant en « symbiose » dans le corps, c'est-à-dire en association bénéfique à chacun.

Des recherches ont ainsi montré que le microbiote intervient dans de nombreuses fonctions : digestion, production de molécules essentielles et d'énergie au niveau intestinal, régulation de l'activité du système immunitaire dans l'ensemble de l'organisme (dans le tube digestif mais aussi sur la peau ou encore dans le vagin). Des déséquilibres du microbiote auraient ainsi des retentissements dans diverses pathologies.

C'est ce dernier aspect qui intéresse Gérard Eberl et son équipe : les chercheurs étudient les relations entre développement du microbiote intestinal après la naissance et bon fonctionnement ultérieur du système immunitaire.

En effet, la période de développement qui suit la naissance est un moment critique durant lequel le microbiote « éduque » le système immunitaire : il lui apprend à ne pas réagir à l'excès. Gérard Eberl et son équipe ont ainsi montré que, durant le sevrage, le microbiote intestinal se développe et « conditionne » la réactivité du système immunitaire à long terme : c'est la réaction de sevrage. On peut ainsi imaginer que des atteintes du microbiote durant cette période, via une hygiène excessive ou une exposition aux antibiotiques par exemple, impacteraient cette réaction de sevrage. Ces perturbations pourraient ensuite entraîner une réactivité excessive du système immunitaire, conduisant à une sensibilité accrue aux pathologies inflammatoires comme les allergies, ou au contraire, abaisser la réaction immunitaire et rendre l'organisme plus sensible aux infections.

C'est tout l'enjeu du projet mené par les chercheurs. Il s'agira ici de déterminer comment des perturbations du microbiote lors d'infections néonatales peuvent influencer la réaction de sevrage et la réactivité ultérieure du système immunitaire. Par la suite, les chercheurs souhaitent déterminer si une sensibilité accrue aux pathologies inflammatoires, liée à une réactivité accrue du système immunitaire, peut se traduire par une plus grande résistance aux infections. Ils disposent pour cela de modèles chez lesquels seront initiées des perturbations du microbiote.

A terme, l'équipe espère identifier des composants du microbiote qui favorisent un développement optimal du système immunitaire. Cela permettra par la suite de corriger la composition du microbiote si une infection précoce l'a affecté juste après la naissance, et ainsi d'éviter les répercussions néfastes de son dérèglement sur les réactions immunitaires.