Comme l’a montré la pandémie de Covid-19, les virus émergents constituent des menaces constantes. L’humanité a souvent été confrontée à l’apparition de virus capables de se transmettre rapidement et à l’origine de nombreux décès.

On qualifie d’« émergent » un virus qui apparaît nouvellement au sein d’un hôte, c’est-à-dire qu’il était jusqu’à présent inconnu à l’intérieur de l’organisme qu’il infecte, à partir d’un animal ou de l’environnement. Il peut aussi provenir de mutations génétiques d’un agent pathogène existant. Ces virus sont particulièrement suivis par la communauté médicale car ils peuvent être à l’origine de maladies encore inconnues, donc parfois difficiles à enrayer.

La recherche médicale est parvenue à obtenir de grandes avancées et réussites qui ont permis de faire reculer plusieurs épidémies de grande ampleur. Deux armes ont ainsi fait leurs preuves dans l’histoire : la vaccination et les thérapeutiques antivirales.

Les succès de la vaccination contre les épidémies mondiales

• L'éradication de la variole

Tout d’abord, la vaccination a permis dans les années 1980 de faire complètement disparaître la variole de la surface du globe. Cette pathologie a été responsable de près de 300 millions de morts au cours du XXe siècle. La variole est un emblème dans l’histoire de la médecine. Son étude a permis la mise au point d’un procédé qui a précédé la vaccination : la « variolisation ». En 1796, un médecin britannique, Edward Jenner, s’aperçoit que les paysans au contact des bovins pouvaient contracter une pathologie proche de la variole, la « vaccine », ce qui les protégeait par la suite de la variole humaine. La vaccine provoque des pustules sur la peau des personnes l’ayant contractée. Le médecin a alors l’idée d’en prélever le contenu, puis de l’inoculer à des personnes indemnes. C’est le début du concept d’immunisation. Ce procédé sera bien sûr amélioré par la suite pour aboutir aux vaccinations modernes.

• La lutte contre la poliomyélite

Deuxième maladie redoutable freinée par la vaccination : la poliomyélite. Cette maladie est liée à un virus ayant la capacité de s’attaquer au système nerveux. Elle touche principalement les enfants de moins de 5 ans selon l’Organisation mondiale de la Santé (OMS). Dans ses formes sévères, l’infection provoque une paralysie qui peut persister tout au long de la vie, voire provoquer la mort. Le vaccin contre la pathologie est né dans les années 1950. À l’heure où ce texte est rédigé, on considère la poliomyélite comme éradiquée du continent africain. Mais la maladie continue de sévir dans certains pays comme le Pakistan, ou, plus récemment, au Moyen-Orient.

Les avancées des thérapies antivirales

Des grandes avancées ont également été obtenues dans les thérapies et la prise en charge de certains virus récemment apparus. Le meilleur exemple est l’avènement des trithérapies utilisées dans la prise en charge du virus de l’immunodéficience humaine (VIH), pathogène à l’origine du sida. Ces traitements, pris à vie, font diminuer la quantité de virus dans l’organisme des patients, ce qui permet de garder « sous contrôle » l’infection et de prévenir sa transmission. Cependant, l’épidémie continue : d’après l’OMS, 39 millions de personnes vivaient avec le sida fin 2022.

Malgré ces avancées marquantes et les réussites indéniables de la recherche, il reste du chemin à parcourir pour que non seulement les pathologies émergentes actuelles soient prises en charge, mais également pour faire face aux futures pathologies.

L’OMS a établi la liste des virus émergents et des maladies associées qui nécessitent une vigilance particulière. L’organisme précise que cette liste n’est pas exhaustive et peut bien sûr évoluer si de nouveaux virus apparaissent.

Le mpox (ex variole du singe)

Le Mpox, anciennement variole du singe ou « monkeypox » est une zoonose, une maladie infectieuse ayant une origine animale. Elle est causée par un virus appartenant aux orthopoxvirus. On en connait deux clades (groupes descendant d'ancêtres communs) : l'un dit « de l'Afrique de l'Ouest » et l'autre de « l'Afrique centrale ».

En 2022, une épidémie de Mpox a touché plusieurs pays, y compris des régions où la maladie n'était pas endémique auparavant, comme les États-Unis, le Canada, et plusieurs pays européens. Les symptômes les plus courants observés incluent des éruptions cutanées, de la fièvre, des maux de tête, et des douleurs musculaires. Des traitements antiviraux, comme le tecovirimat, sont utilisés pour traiter les cas graves. Une vaccination est envisageable pour les personnes qui sont susceptibles d’être exposées. Pour plus d’information sur la transmission et les symptômes du monkeypox, visitez notre page dédiée.

Covid-19 et les variants des coronavirus de type SARS-CoV

Les coronavirus sont très répandus, et sont en général responsables de simples rhumes et de syndromes grippaux bénins. Mais certains acquièrent des propriétés qui les rendent agressifs et hautement transmissibles. C’est le cas du SARS-CoV qui peut conduire au développement d’un syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS) potentiellement mortel. Une première épidémie mettant en jeu ce virus a été à l’origine, selon l’Inserm, de 774 décès entre novembre 2002 et juillet 2003, dans 30 pays.

Le SARS-CoV-2, à l’origine de la pandémie de Covid-19 est un parent proche du virus SARS-CoV. Bien qu’appartenant à la même famille, SARS-CoV-2 et SARS-CoV sont des virus différents.

La pandémie de Covid-19 continue aujourd’hui d'évoluer avec l'apparition de nouveaux variants comme Delta et Omicron. Ces variants ont montré une capacité accrue de transmission et, dans certains cas, une résistance aux vaccins existants. Les efforts de recherche se concentrent donc sur l'adaptation des vaccins pour mieux protéger contre ces variants. Les vaccins à ARNm ont montré une efficacité remarquable pour modifier le décours de l’épidémie.

Tous les coronavirus sont aujourd’hui inscrits dans la liste des virus émergents à suivre de l’OMS.

Virus Zika : risques de transmission et épidémies récentes

Le virus Zika est apparu en Afrique en 1947. C’est un arbovirus : son principal vecteur est le moustique, mais il peut également être contracté à la suite d’un rapport sexuel ou transmis de la mère à l’enfant durant la grossesse. La maladie qu’il provoque est très souvent sans symptôme (70 à 80 % des cas selon l’Institut Pasteur) ce qui rend sa détection parfois difficile. Chez les personnes symptomatiques, on rencontre le plus souvent un syndrome grippal, accompagné d’autres manifestations. Selon Santé Publique France, lors de l’épidémie qui a sévi en 2016, 80 000 personnes ont consulté aux Antilles et en Guyane pour ce motif. La France métropolitaine pourrait aussi être touchée : en 2024, Santé Publique France a répertorié 3 cas importés de la pathologie.

Fièvre Hémorragique Congo-Crimée : un virus parfois mortel

Cette pathologie grave découle le plus souvent d’une piqûre de tique ayant contracté le virus auprès d’un animal domestiqué. La maladie se traduit d’abord par des symptômes assez généraux comme une fièvre, des douleurs musculaires, des nausées… La pathologie peut ensuite provoquer des lésions organiques au niveau du foie, du rein… Elle est létale dans 10 à 40 % des cas selon l’OMS. Toujours selon le même organisme, la maladie est endémique dans plusieurs régions du globe comme l’Afrique, les Balkans, au Moyen-Orient ou encore en Asie.

Virus Ebola et virus Marbourg : des fièvres hémorragiques

Le virus Ebola est à l’origine d’une maladie grave qui se traduit d’abord par de la fièvre, des maux de gorge, une fatigue… et en phase tardive par des diarrhées, des vomissements et des hémorragies. Souvent d’issue fatale, Ebola aurait, selon l’Inserm, touché 28 400 personnes lors d’une épidémie qui a touché l’Afrique de l’Ouest ayant eu lieu entre 2013 et 2016, et a été à l’origine de 11 300 décès. Plusieurs traitements, des anticorps monoclonaux, ont montré une efficacité dans la maladie. Il existe un vaccin contre la pathologie qui présente une efficacité estimée entre 65 % et 100 % en prévention de la maladie selon la HAS. Il est utilisé chez les personnes susceptibles d’avoir été exposées au virus.

Le virus Marbourg est un virus de la même famille que le virus Ebola. Il provoque des symptômes similaires, avec des risques létaux variables selon les types (le taux de létalité est en moyenne de 50 % selon l’OMS). Toujours d’après l’OMS, en 2023, deux flambées de maladie à virus Marburg ont été signalées en Guinée équatoriale et en République-Unie de Tanzanie.

Virus Nipah : des flambées périodiques

Le virus Nipah a fait son apparition en 1999 en Malaisie dans les élevages porcins. Le virus s’est depuis propagé régulièrement par « flambées » , c’est-à-dire par des augmentation brusques du nombre de cas au Bangladesh et en Inde selon l’Inserm. La personne infectée peut développer des symptômes variables, allant de formes complètement asymptomatiques à des atteintes sévères des voies respiratoires pouvant conduire à des encéphalites mortelles. L’OMS estime que le virus est létal dans 40 à 75 % des cas. Le développement d’un vaccin contre la maladie est au cœur des recherches actuelles.

Fièvre de la Vallée du Rift

Cette maladie est liée à un virus de type Phlebovirus. Il a été identifié pour la première fois en 1931 au Kenya, selon l’OMS. Sa transmission se fait via des animaux contaminés, ou encore via des piqûres de moustique. Ses symptômes sont assez généraux, la plupart des cas étant bénins. Les formes sévères, rares, peuvent toucher les yeux, le cerveau ou encore provoquer des fièvres hémorragiques. Ce virus est à l’origine d’épidémies régulières, comme celle qui a sévi à Mayotte en 2018-2019 et qui a touché 143 personnes, ou encore celle qui est apparu en Mauritanie en 2022 où 47 cas ont été recensés.

Aujourd’hui, on considère que plusieurs facteurs inhérents aux modes de vie modernes favorisent l’émergence de nouveaux virus et la propagation de virus existants.

Les modifications de l’environnement : attention à la déforestation

La majorité des maladies infectieuses émergentes ces dernières années proviennent d’un contact étroit avec les animaux : on appelle ces pathologies des « zoonoses ». Les virus animaux peuvent ainsi, à la suite de mutations génétiques, acquérir des caractéristiques leur permettant d’infecter les humains : ils « franchissent la barrière des espèces ».

Certaines activités comme la déforestation afin de libérer des espaces agricoles modifient les habitats des animaux. Les animaux domestiques se retrouvent plus souvent en contact avec les animaux sauvages, ce qui favorise la transmission des pathologies. Par extension, le risque de transmission d’un virus de l’animal à l’homme est ainsi accru.

Les changements climatiques et l’activité humaine

Les modifications climatiques comme les hausses de températures ou les variations d’humidité participent, avec l’activité humaine, aux changements dans la répartition géographique de certaines espèces. C’est par exemple le cas du moustique « tigre ». Absent jusqu’ici de certaines régions de l’Afrique, il est récemment parvenu à en coloniser certaines et à se propager jusqu’en Europe, avec le risque de transmettre les virus dont il est potentiellement porteur.

La hausse de la densité de la population mondiale et de l’urbanisation

On assiste aujourd’hui à une augmentation de la densité des populations, une urbanisation, autour du globe ce qui, ici également favorise la transmission d’un agent pathogène entre les habitants. Dans les pays à faibles revenus, la concentration de personnes aux abords des grandes villes associée à de mauvaises conditions d’hygiène peut également augmenter le risque d’émergence d’une pathologie.

L’amélioration des moyens de transport et la hausse des flux de personnes

L’ouverture au plus grand nombre des moyens modernes de transport comme l’avion, dans le cadre de la mondialisation, favorise une propagation plus rapide des agents pathogènes. Cela constitue un véritable accélérateur en cas d’épidémie.

La recherche sur les virus émergents est aujourd’hui très active. Elle vise plusieurs objectifs :

• Effectuer des recherches sur le terrain pour repérer des réservoirs animaux abritant des virus avec un potentiel pathogène pour l’homme. Des chercheurs s’intéressent notamment à certaines espèces de chauve-souris, animal porteur de nombreux virus qui pourraient être transmis à l’homme sous certaines conditions.
• Lutter contre les vecteurs de virus pathogènes. Pour exemple, de vastes campagnes visant à rendre stériles les moustiques par génie génétique ont été entreprises dans les pays où les insectes peuvent transporter des virus ; ces campagnes ont une efficacité variable.
• Mettre au point des méthodes de diagnostic en vue de dépister rapidement les maladies et ainsi limiter une épidémie. Ainsi, la mise au point de tests « rapides » pour vite prendre en charge les malades peut constituer une aide précieuse pour contenir une épidémie. Pour exemple, les tests antigéniques et les tests PCR rapides ont été essentiels dans la lutte contre le Covid-19.
• Développer des traitements qui visent à réduire les capacités d’infection des virus ou encore à diminuer leur multiplication dans les cellules en vue de mieux prendre en charge les infections. Les antiviraux ont été utilisés pour traiter certaines formes de Covid-19. Des recherches sont en cours pour développer des traitements similaires pour d'autres virus émergents.
• Élaborer des vaccins qui permettent de contenir une éventuelle épidémie en réduisant la transmission entre les individus et de réduire l’intensité des symptômes chez les malades. Les vaccins à ARNm ont montré une efficacité remarquable contre le Covid-19. Des efforts sont en cours pour développer des vaccins similaires pour d'autres virus émergents, comme le virus de la fièvre de Lassa et le virus Ebola.
• Utiliser des technologies informatiques pour améliorer la surveillance et la prédiction des épidémies. Des méthodes de pointe, comme l'intelligence artificielle et le Big Data, sont exploitées pour analyser de grandes quantités de données épidémiologiques et prédire les zones à risque.

Autant de pistes pour combattre les épidémies en cours ou à venir !