L'intestin humain abrite un écosystème très riche composé de plusieurs milliards de bactéries d'espèces différentes : la flore intestinale (ou microbiote intestinal). Ces bactéries sont bénéfiques, indispensables même, et on connaît aujourd’hui leur rôle essentiel dans la digestion, la production d'énergie et de vitamines, la maturation du système immunitaire. Les scientifiques leur découvrent régulièrement de nouvelles fonctions. Les résultats les plus récents montrent en fait un véritable « dialogue » moléculaire entre les bactéries intestinales et leur hôte.

Or, chez les personnes atteintes de la maladie de Crohn, une maladie inflammatoire chronique de l’intestin (MICI), il existe un déséquilibre dans la composition de la flore intestinale. Certaines souches bactériennes, habituellement présentes, disparaissent. Ce déséquilibre peut conduire à l’installation d’une inflammation.

Les chercheurs se sont aussi rendu compte, chez ces patients, qu’un des mécanismes de protection des cellules intestinales contre les agressions est altéré. En temps normal ce mécanisme, appelé autophagie, permet notamment aux cellules de capturer les micro-organismes pathogènes, puis de les digérer. L’altération de ce mécanisme favoriserait également l’inflammation.

Y a-t-il un lien entre le déséquilibre de la flore intestinale et l'altération de l’autophagie ? C’est ce que veut étudier My-Linh Tran-Minh dans l’équipe de Germain Trugnan et Philippe Seksik.

Les premières expériences réalisées au laboratoire montrent qu’une souche de bactéries intestinales, Faecalibacterium prausnitzii, est capable de stimuler l’autophagie dans des cellules en culture, et est présente en quantité réduite chez les patients souffrant de MICI. L’étudiante va étendre son étude à une quinzaine de bactéries majeures de la flore intestinale pour déterminer leur effet sur ce mécanisme de défense. Elle espère ainsi identifier des souches capables de moduler l’autophagie, et particulièrement de l’induire. Dans l’étape suivante, elle cherchera à identifier les molécules impliquées dans cette action.

L'objectif de l’équipe de Germain Trugnan est de comprendre quels sont les mécanismes cellulaires et moléculaires mis en jeu entre les bactéries et les cellules intestinales. Le but ultime est de restaurer une autophagie normale chez les patients atteints de maladie de Crohn en utilisant les bactéries modulatrices identifiées. Un moyen de diminuer l’inflammation pathologique de l’intestin.